Medizininformatik Initiative - ImplementationGuide - Molekulares Tumorboard v2026

DNPM-Transformation

Diese Seite beschreibt die Transformation von DNPM DIP MTB-Patientenakten in MII KDS-konforme FHIR-Bundles mittels FHIR StructureMaps und dem Matchbox FHIR-Server.

Logisches Datenmodell (DNPM)
Mapping-Tabelle: DNPM zu MII FHIR
StructureMaps (FML)
Transformation mit Matchbox

Logisches Datenmodell (DNPM)

Das DNPM-Quelldatenmodell bildet die JSON-Struktur der DNPM DIP MTB API als FHIR Logical Model ab. Quelle: DAM Datenmodell V2.1 inkl. MVGenomSeq-Anpassungen

Command 'tree' could not render: Resource was not found for 'canonical=https://dnpm-dip.net/fhir/StructureDefinition/dnpm-lm-patient-record'

Mapping-Tabelle: DNPM zu MII FHIR

Die folgende Tabelle zeigt die Element-Zuordnung zwischen dem DNPM-Quelldatenmodell und den MII FHIR-Profilen aus verschiedenen MII-Modulen (Person, MTB, Onkologie, Mol.gen Befund, Pathologie).

StructureMaps (FML)

Die Transformation ist modular in einzelne StructureMaps aufgeteilt:

StructureMap	Beschreibung
`dnpm-to-mii-mtb`	Orchestrator: Ruft alle Sub-Maps auf und erzeugt ein Transaction-Bundle
`sm-patient-demographics`	Patient, EpisodeOfCare, FamilyMemberHistory
`sm-diagnosis`	Diagnosen, ECOG Performance Status
`sm-specimen-histology-ihc-msi`	Proben, Histologie, IHC, MSI
`sm-ngs-report`	NGS-Berichte inkl. Varianten, CNV, Fusionen, TMB, HRD
`sm-careplan`	MTB-Beschluss, Therapieempfehlungen, Studieneinschluss
`sm-guideline-therapy`	Leitlinientherapien und -prozeduren
`sm-follow-up`	Follow-Up Dokumentation
`sm-systemic-therapy`	Systemische Therapien, Response-Befunde
`sm-claims`	Kostenübernahme-Anträge und -Antworten

Die FML-Dateien liegen unter input/maps/ im Repository und sind direkt mit Matchbox ausführbar.

Beispiel: Patient-Demographie

Die folgende StructureMap zeigt exemplarisch die Transformation von DNPM-Patientendaten zu einem MII KDS-konformen FHIR Patient:

group MapPatient(source src : BackboneElement, target tgt : Patient) { src.id as srcId -> tgt.id = cast(srcId, "id") "patientId"; src.birthDate as birthDateDt -> tgt.birthDate = cast(birthDateDt, 'date') "birthDate"; // Profile meta - MII KDS Person Patient src -> tgt.meta as m then { src -> m.profile = 'https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-person/StructureDefinition/Patient' "patientProfile"; } "patientMeta"; // Gender: DNPM codes -> FHIR administrative-gender src.gender as g where g.code = 'female' -> tgt.gender = 'female' "genderFemale"; src.gender as g where g.code = 'male' -> tgt.gender = 'male' "genderMale"; src.gender as g where g.code = 'other' -> tgt.gender = 'other' "genderOther"; src.gender as g where g.code = 'unknown' -> tgt.gender = 'unknown' "genderUnknown"; // Vital status src.vitalStatus as vs where vs.code = 'deceased' -> tgt.deceased = true "deceasedTrue"; src.vitalStatus as vs where vs.code = 'alive' -> tgt.deceased = false "deceasedFalse"; // Address: municipalityCode -> AGS extension src.address as srcAddr -> tgt.address as tgtAddr then MapAddress(srcAddr, tgtAddr) "address"; }

Transformation mit Matchbox

Matchbox ist ein FHIR-Server basierend auf HAPI FHIR, der StructureMap-basierte Transformationen ($transform) unterstuetzt.

1. Matchbox starten

docker compose -f scripts/docker-compose.matchbox.yaml up -d

Der Server ist unter http://localhost:8080/matchbox/fhir erreichbar. Die Bereitschaft kann geprueft werden mit:

curl -sf http://localhost:8080/matchbox/fhir/metadata

2. StructureMaps laden

FML-Dateien werden als text/fhir-mapping an den StructureMap-Endpoint gesendet. Matchbox kompiliert die FML-Syntax automatisch zu einer StructureMap-Ressource:

curl -X POST \ -H "Content-Type: text/fhir-mapping" \ -H "Accept: application/fhir+json" \ --data-binary @input/maps/sm-patient-demographics.fml \ http://localhost:8080/matchbox/fhir/StructureMap

3. Transformation ausfuehren

Ein DNPM-Patientendatensatz wird per $transform in ein MII-MTB FHIR Bundle transformiert:

curl -X POST \ -H "Content-Type: application/fhir+json" \ -H "Accept: application/fhir+json" \ -d @dnpm-patient-record.json \ "http://localhost:8080/matchbox/fhir/StructureMap/\$transform?source=https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureMap/dnpm-to-mii-mtb"

4. Automatisiert

Das Skript scripts/fetch-and-transform.sh fuehrt alle Schritte automatisch aus:

DNPM-Testdatensatz von der API abrufen
Alle FML-StructureMaps in Matchbox laden
Transformation ausfuehren
Ergebnis-Bundle in scripts/output/mii-mtb-bundle.json speichern

./scripts/fetch-and-transform.sh

Das Ergebnis kann anschliessend mit scripts/validate-output.sh gegen die MII-MTB-Profile validiert werden.