Tumorzellgehalt: Observation


Inhalt

Dieses Profil beschreibt den bioinformatisch oder histologisch bestimmten Tumorzellgehalt.

Je nach Methodik kann dieser entweder als Teil einer bioinformatischen NGS-Analyse erfolgen, oder klassisch durch lichtmikroskopische Untersuchung in der Pathologie. Die Art des Nachweises wird unter method kodiert.

Ein hoher Tumorzellgehalt ist ausschlaggebend für die Qualität des Sequenzierprozesses und einen ausreichend präzisen Nachweis von Allelfrequenzen und Varianten.


Verknüpfungen zu anderen Ressourcen

Der Tumorzellgehalt kann sowohl von einem NGS- als auch molekularpathologischen Bericht über DiagnosticReport.result verlinkt sein. Zusätzlich kanne eine Rebiopsie über ServiceRequest.supportingInfo auf eine Tumorzellgehalt-Observation verlinken, wenn der Grund der Rebiopsie in einem zu niedrigen Tumorzellgehalt der ursprünglichen Probe liegt.


Zeitliche Zuordnung im Verlauf

NameStatusVersionCanonicalBasis
MII_PR_MTB_Tumorzellgehaltdraft2024.0.0-ballothttps://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-tumorzellgehalthttp://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Observation

Inhalt

idΣ0..1string
id0..1string
extensionC0..*Extension
versionIdΣ0..1id
lastUpdatedΣ0..1instant
sourceΣ0..1uri
profileS Σ0..*canonical(StructureDefinition)
securityΣ0..*CodingBinding
tagΣ0..*Coding
implicitRulesΣ ?!0..1uri
language0..1codeBinding
text0..1Narrative
contained0..*Resource
extensionC0..*Extension
modifierExtension?! C0..*Extension
identifierΣ0..*Identifier
basedOnΣ0..*Reference(CarePlan | DeviceRequest | ImmunizationRecommendation | MedicationRequest | NutritionOrder | ServiceRequest)
partOfΣ0..*Reference(MedicationAdministration | MedicationDispense | MedicationStatement | Procedure | Immunization | ImagingStudy)
statusΣ ?!1..1codeBinding
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extensionC0..*Extension
codingΣ0..*CodingPattern
textΣ0..1string
codeΣ1..1CodeableConceptPattern
subjectΣ0..1Reference(Patient | Group | Device | Location)
focusΣ0..*Reference(Resource)
encounterΣ0..1Reference(Encounter)
effectiveDateTimedateTime
effectivePeriodPeriod
effectiveTimingTiming
effectiveInstantinstant
issuedΣ0..1instant
performerΣ0..*Reference(Practitioner | PractitionerRole | Organization | CareTeam | Patient | RelatedPerson)
id0..1string
extensionC0..*Extension
valueS Σ1..1decimal
comparatorΣ ?!0..1codeBinding
unitΣ0..1stringPattern
systemΣ C0..1uriPattern
codeΣ0..1codePattern
dataAbsentReasonC0..1CodeableConceptBinding
interpretation0..*CodeableConceptBinding
note0..*Annotation
bodySite0..1CodeableConcept
methodS1..1CodeableConceptBinding
specimen0..1Reference(Specimen)
device0..1Reference(Device | DeviceMetric)
id0..1string
extensionC0..*Extension
modifierExtensionΣ ?! C0..*Extension
lowC0..1SimpleQuantity
highC0..1SimpleQuantity
type0..1CodeableConceptBinding
appliesTo0..*CodeableConcept
age0..1Range
text0..1string
hasMemberΣ0..*Reference(Observation | QuestionnaireResponse | MolecularSequence)
derivedFromΣ0..*Reference(DocumentReference | ImagingStudy | Media | QuestionnaireResponse | Observation | MolecularSequence)
id0..1string
extensionC0..*Extension
modifierExtensionΣ ?! C0..*Extension
codeΣ1..1CodeableConcept
valueQuantityQuantity
valueCodeableConceptCodeableConcept
valueStringstring
valueBooleanboolean
valueIntegerinteger
valueRangeRange
valueRatioRatio
valueSampledDataSampledData
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valueDateTimedateTime
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dataAbsentReasonC0..1CodeableConceptBinding
interpretation0..*CodeableConceptBinding
referenceRange0..*see (referenceRange)

Bestimmter Tumorzellgehalt

Feldname
Observation.meta
Observation.meta.profile
Observation.value[x]
Observation.value[x].value
Observation.method
Command 'xml' could not render: Missing subject
Command 'json' could not render: Missing subject
Command 'link' could not render: Missing subject

Mapping Datensatz zu FHIR

DatensatzErklaerungFHIR
Tumorzellgehalt

Tumorzellgehalt

Observation
Bestimmungsmethode

Angewandte Methode zur Bestimmung des Tumorzellgehalts

Observation.method.valueCodeableConcept.coding.code
Anzahl Tumorzellen

Gesamtanzahl an aktiven und inaktiven Tumorzellen

Observation.valueQuantity.value
Tumorzellgehalt

Tumorzellgehalt

Observation
Bestimmungsmethode

Angewandte Methode zur Bestimmung des Tumorzellgehalts

Observation.method.valueCodeableConcept.coding.code
Anzahl Tumorzellen

Gesamtanzahl an aktiven und inaktiven Tumorzellen

Observation.valueQuantity.value

Suchparameter

Folgende Suchparameter sind für diese Modul relevant, auch in Kombination:

  1. Der Suchparameter "_id" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?_id=12345

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_id" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Parameters for all resources".

  2. Der Suchparameter "_profile" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?_profile=https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-tumorzellgehalt

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_profile" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  3. Der Suchparameter "identifier" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?identifier=123456

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "identifier" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  4. Der Suchparameter "based-on" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?based-on=ServiceRequest/example

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "based-on" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Reference Search".

  5. Der Suchparameter "status" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?status=final

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "status" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  6. Der Suchparameter "category" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?category=http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category|laboratory

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "category" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  7. Der Suchparameter "code" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?code=http://loinc.org|93356-4

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "code" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  8. Der Suchparameter "subject" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?subject=Patient/example

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "subject" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Reference Search".

  9. Der Suchparameter "date" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?date=eq2021-06-10

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "date" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Date Search".

  10. Der Suchparameter "component-value-quantity" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?component-value-quantity=le20|http://unitsofmeasure.org|%

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "component-value-quantity" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Quantity Search".

  11. Der Suchparameter "body-site" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?body-site=http://snomed.info/sct|430304001

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "body-site" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  12. Der Suchparameter "method" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?method=https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/CodeSystem/mii-cs-mtb-bestimmungsmethode-tumorzellgehalt|histologic

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "method" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  13. Der Suchparameter "specimen" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?specimen=Specimen/example

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "specimen" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Reference Search".

  14. Der Suchparameter "has-member" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?has-member=Observation/example

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "has-member" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Reference Search".

  15. Der Suchparameter "derived-from" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?derived-from=ImagingStudy/example

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "derived-from" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Reference Search".


Beispiele

Beispiel: Beschluss MTB-Fall für Kim Musterperson vom 28.03.2023 (siehe Beschreibung von Szenarien fuer die Anwendung der Module)

Observation.id[0]mii-exa-mtb-kim-tumorzellgehalt-aszites
Observation.meta[0].profile[0]https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-tumorzellgehalt
Observation.status[0]final
Observation.code[0].coding[0].system[0]http://loinc.org
Observation.code[0].coding[0].code[0]93356-4
Observation.code[0].coding[0].display[0]Cells with cytogenetic abnormality [#] in Blood or Tissue by Molecular genetics method
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Observation.value[0].code[0]%
Observation.method[0].coding[0].system[0]https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/CodeSystem/mii-cs-mtb-bestimmungsmethode-tumorzellgehalt
Observation.method[0].coding[0].code[0]histologic
{
"resourceType": "Observation",
"id": "mii-exa-mtb-kim-tumorzellgehalt-aszites",
"meta": {
"profile": [
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-tumorzellgehalt"
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"coding": [
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"code": "histologic",
"system": "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/CodeSystem/mii-cs-mtb-bestimmungsmethode-tumorzellgehalt"
}
]
}
}

Concepts

This code system https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/CodeSystem/mii-cs-mtb-bestimmungsmethode-tumorzellgehalt defines the following codes:

CodeDisplayDefinition
bioinformaticBioinformatischBioinformatische Bestimmung
histologicHistologischHistologische Bestimmung