Oncotree: Observation


Inhalt

Dieses Profil beschreibt die Oncotree-Klassifikation, die in der Präzisionsmedizin gebraucht wird.

Sie kombiniert Lokalisations- und morphologische Beschreibungen und gilt damit als besser geeignet für personalisierte Medizin als die weiter verbreitete ICD-O-Klassifikation mit Topographie und Morphologie. Die aktuelle stabile Version wird vom MSKCC herausgegeben und wird in der OnkoKB-Datenbank verwendet.

Es ist zu beachten, dass die OncoTree-Klassifikation zur Kommentierungsphase noch nicht als eigenständiges CodeSystem/ValueSet bereitgestellt wird - dies ist jedoch spätestens mit dem offiziellen Release geplant.


Zeitliche Zuordnung im Verlauf

NameStatusVersionCanonicalBasis
MII_PR_MTB_Oncotreedraft2024.0.0-ballothttps://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotreehttp://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Observation

Inhalt

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hasMemberΣ0..*Reference(Observation | QuestionnaireResponse | MolecularSequence)
derivedFromΣ0..*Reference(DocumentReference | ImagingStudy | Media | QuestionnaireResponse | Observation | MolecularSequence)
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Grad des Tumors nach MSKCC Oncotree Klassifikation

FeldnameKurzbeschreibung
Observation.meta
Observation.meta.profile
Observation.code
Observation.subject
Observation.encounterGesundheitseinrichtungskontakt
Observation.value[x]
Observation.value[x].coding
Observation.value[x].coding.code
<StructureDefinition xmlns="http://hl7.org/fhir">
<id value="mii-pr-mtb-oncotree" />
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<version value="2024.0.0-ballot" />
<name value="MII_PR_MTB_Oncotree" />
<title value="MII PR MTB Oncotree Klassifikation" />
<status value="draft" />
<publisher value="Medizininformatik Initiative" />
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<description value="Grad des Tumors nach MSKCC Oncotree Klassifikation" />
<fhirVersion value="4.0.1" />
<kind value="resource" />
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<type value="Observation" />
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<element id="Observation.meta">
<path value="Observation.meta" />
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="Observation.meta.profile">
<path value="Observation.meta.profile" />
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="Observation.code">
<path value="Observation.code" />
<mustSupport value="true" />
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<element id="Observation.code.coding">
<path value="Observation.code.coding" />
<code value="371469007" />
</patternCoding>
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<element id="Observation.code.coding.system">
<path value="Observation.code.coding.system" />
<patternUri value="http://snomed.info/sct" />
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<element id="Observation.subject">
<path value="Observation.subject" />
<min value="1" />
<code value="Reference" />
<targetProfile value="https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-person/StructureDefinition/Patient" />
<targetProfile value="https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-person/StructureDefinition/PatientPseudonymisiert" />
<targetProfile value="http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Patient" />
</type>
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="Observation.encounter">
<path value="Observation.encounter" />
<short value="Gesundheitseinrichtungskontakt" />
<definition value="Kontakt zur Gesundheitseinrichtung" />
<code value="Reference" />
<targetProfile value="https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-fall/StructureDefinition/KontaktGesundheitseinrichtung" />
<targetProfile value="http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Encounter" />
</type>
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="Observation.value[x]">
<path value="Observation.value[x]" />
<min value="1" />
<code value="CodeableConcept" />
</type>
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="Observation.value[x].coding">
<path value="Observation.value[x].coding" />
<min value="1" />
<max value="1" />
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="Observation.value[x].coding.system">
<path value="Observation.value[x].coding.system" />
<patternUri value="http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree" />
</element>
<element id="Observation.value[x].coding.code">
<path value="Observation.value[x].coding.code" />
<min value="1" />
<mustSupport value="true" />
</element>
</differential>
</StructureDefinition>
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"resourceType": "StructureDefinition",
"id": "mii-pr-mtb-oncotree",
"url": "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotree",
"version": "2024.0.0-ballot",
"name": "MII_PR_MTB_Oncotree",
"title": "MII PR MTB Oncotree Klassifikation",
"status": "draft",
"publisher": "Medizininformatik Initiative",
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"value": "https://www.medizininformatik-initiative.de"
}
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"description": "Grad des Tumors nach MSKCC Oncotree Klassifikation",
"fhirVersion": "4.0.1",
"kind": "resource",
"abstract": false,
"type": "Observation",
"baseDefinition": "http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Observation",
"derivation": "constraint",
"element": [
{
"id": "Observation.meta",
"path": "Observation.meta",
"mustSupport": true
},
{
"id": "Observation.meta.profile",
"path": "Observation.meta.profile",
"mustSupport": true
},
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"id": "Observation.code",
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}
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"id": "Observation.code.coding.system",
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"min": 1,
"type": [
{
"code": "Reference",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-person/StructureDefinition/Patient",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-person/StructureDefinition/PatientPseudonymisiert",
"http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Patient"
]
}
],
"mustSupport": true
},
{
"id": "Observation.encounter",
"path": "Observation.encounter",
"short": "Gesundheitseinrichtungskontakt",
"definition": "Kontakt zur Gesundheitseinrichtung",
"type": [
{
"code": "Reference",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-fall/StructureDefinition/KontaktGesundheitseinrichtung",
"http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Encounter"
]
}
],
"mustSupport": true
},
{
"id": "Observation.value[x]",
"path": "Observation.value[x]",
"min": 1,
"type": [
{
"code": "CodeableConcept"
}
],
"mustSupport": true
},
{
"id": "Observation.value[x].coding",
"path": "Observation.value[x].coding",
"min": 1,
"max": "1",
"mustSupport": true
},
{
"id": "Observation.value[x].coding.system",
"path": "Observation.value[x].coding.system",
"patternUri": "http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree"
},
{
"id": "Observation.value[x].coding.code",
"path": "Observation.value[x].coding.code",
"min": 1,
"mustSupport": true
}
]
}
}

Mapping Datensatz zu FHIR

DatensatzErklaerungFHIR
OncoTree Classification

Klassifizierung eines Tumor nach OncoTree

Condition.stage.assessment:Reference(Observation)

Suchparameter

Folgende Suchparameter sind für diese Modul relevant, auch in Kombination:

  1. Der Suchparameter "_id" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?_id=12345

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_id" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Parameters for all resources".

  2. Der Suchparameter "_profile" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?_profile=https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotree

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_profile" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  3. Der Suchparameter "code" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?code=http://snomed.info/sct|371469007

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "code" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  4. Der Suchparameter "subject" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?subject=Patient/example

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "subject" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Reference Search".

  5. Der Suchparameter "encounter" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?encounter=Encounter/example

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "encounter" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Reference Search".

  6. Der Suchparameter "combo-value-concept" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?combo-value-concept=http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree|HGONEC

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "combo-value-concept" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".


Beispiele

Beispiel: Beschluss MTB-Fall für Kim Musterperson vom 28.03.2023 (siehe Beschreibung von Szenarien fuer die Anwendung der Module)

Observation.id[0]mii-exa-mtb-kim-oncotree
Observation.meta[0].profile[0]https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotree
Observation.status[0]final
Observation.code[0].coding[0].system[0]http://snomed.info/sct
Observation.code[0].coding[0].code[0]371469007
Observation.subject[0].reference[0]Patient/PatientKimMusterperson
Observation.effective[0]2021-06-10
Observation.value[0].coding[0].system[0]http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree
Observation.value[0].coding[0].code[0]HGONEC
{
"resourceType": "Observation",
"id": "mii-exa-mtb-kim-oncotree",
"meta": {
"profile": [
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotree"
]
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"status": "final",
"code": {
"coding": [
{
"code": "371469007",
"system": "http://snomed.info/sct"
}
]
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"subject": {
"reference": "Patient/PatientKimMusterperson"
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"effectiveDateTime": "2021-06-10",
"coding": [
{
"code": "HGONEC",
"system": "http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree"
}
]
}
}

This value set includes codes from the following code systems: