Molekular-Pathologie-Befund: DiagnosticReport


Inhalt

Dieses Profil beschreibt den Molekular-Pathologie-Befund.


Verknüpfungen zu anderen Ressourcen


Zeitliche Zuordnung im Verlauf

NameStatusVersionCanonicalBasis
MII_PR_MTB_Molecular_Pathology_Reportdraft2024.0.0-ballothttps://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-molecular-pathology-reporthttp://hl7.org/fhir/StructureDefinition/DiagnosticReport

Inhalt

idΣ0..1string
id0..1string
extensionC0..*Extension
versionIdΣ0..1id
lastUpdatedΣ0..1instant
sourceΣ0..1uri
profileS Σ0..*canonical(StructureDefinition)
securityΣ0..*CodingBinding
tagΣ0..*Coding
implicitRulesΣ ?!0..1uri
language0..1codeBinding
text0..1Narrative
contained0..*Resource
extensionC0..*Extension
modifierExtension?! C0..*Extension
identifierΣ0..*Identifier
basedOn0..*Reference(CarePlan | ImmunizationRecommendation | MedicationRequest | NutritionOrder | ServiceRequest)
statusΣ ?!1..1codeBinding
categoryΣ0..*CodeableConcept
id0..1string
extensionC0..*Extension
codingΣ0..*CodingPattern
textΣ0..1string
subjectS Σ1..1Reference(Patient)
encounterΣ0..1Reference(Encounter)
effectiveDateTimedateTime
effectivePeriodPeriod
issuedS Σ0..1instant
performerΣ0..*Reference(Organization)
resultsInterpreterΣ0..*Reference(Practitioner | PractitionerRole | Organization | CareTeam)
specimenS0..*Reference(Specimen)
ImmunhistochemieS0..*Reference(MII_PR_MTB_Immunohistochemistry)
InSituHybridisierungS0..*Reference(MII_PR_MTB_Biomarker_InSituHybridization)
imagingStudy0..*Reference(ImagingStudy)
id0..1string
extensionC0..*Extension
modifierExtensionΣ ?! C0..*Extension
comment0..1string
conclusion0..1string
conclusionCode0..*CodeableConcept
presentedForm0..*Attachment

Molecular pathology report

FeldnameKurzbeschreibung
DiagnosticReport.meta
DiagnosticReport.meta.profile
DiagnosticReport.codeMolekular-Pathologie-Befund
DiagnosticReport.subject
DiagnosticReport.issuedErstellungsdatum
DiagnosticReport.specimenProbe
DiagnosticReport.resultErgebnisse
DiagnosticReport.result:ImmunhistochemieImmunhistochemie
DiagnosticReport.result:InSituHybridisierungGewebebasierte In-Situ-Hybridisierung
<StructureDefinition xmlns="http://hl7.org/fhir">
<id value="mii-pr-mtb-molecular-pathology-report" />
<url value="https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-molecular-pathology-report" />
<version value="2024.0.0-ballot" />
<name value="MII_PR_MTB_Molecular_Pathology_Report" />
<title value="MII PR MTB Molecular Pathology Report" />
<status value="draft" />
<publisher value="Medizininformatik Initiative" />
<system value="url" />
<value value="https://www.medizininformatik-initiative.de" />
</telecom>
</contact>
<description value="Molecular pathology report" />
<fhirVersion value="4.0.1" />
<kind value="resource" />
<abstract value="false" />
<type value="DiagnosticReport" />
<baseDefinition value="http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/DiagnosticReport" />
<derivation value="constraint" />
<element id="DiagnosticReport.meta">
<path value="DiagnosticReport.meta" />
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="DiagnosticReport.meta.profile">
<path value="DiagnosticReport.meta.profile" />
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="DiagnosticReport.code">
<path value="DiagnosticReport.code" />
<short value="Molekular-Pathologie-Befund" />
<definition value="Molekular-Pathologie-Befund, der im Kontext des Molekularen Tumorboards erstellt wurde." />
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="DiagnosticReport.code.coding">
<path value="DiagnosticReport.code.coding" />
<system value="http://loinc.org" />
<code value="60568-3" />
<display value="Pathology synoptic report" />
</patternCoding>
</element>
<element id="DiagnosticReport.subject">
<path value="DiagnosticReport.subject" />
<min value="1" />
<code value="Reference" />
<targetProfile value="http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Patient" />
</type>
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="DiagnosticReport.issued">
<path value="DiagnosticReport.issued" />
<short value="Erstellungsdatum" />
<definition value="Erstellungsdatum des Berichts" />
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="DiagnosticReport.performer">
<path value="DiagnosticReport.performer" />
<short value="Institut" />
<definition value="Berichtendes Institut" />
<code value="Reference" />
<targetProfile value="http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Organization" />
</type>
</element>
<element id="DiagnosticReport.specimen">
<path value="DiagnosticReport.specimen" />
<short value="Probe" />
<definition value="Dem Bericht zugrunde liegende Probe" />
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="DiagnosticReport.result">
<path value="DiagnosticReport.result" />
<type value="profile" />
<path value="$this.resolve()" />
</discriminator>
<description value="Slices für verschiedene Inhalte eines Molekularpathologischen Reports. Diese Slices sind beliebig erweiterbar" />
<rules value="open" />
</slicing>
<short value="Ergebnisse" />
<definition value="Strukturierte Ergebnisse des Molekular-Pathologie-Befunds" />
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="DiagnosticReport.result:Immunhistochemie">
<path value="DiagnosticReport.result" />
<sliceName value="Immunhistochemie" />
<short value="Immunhistochemie" />
<definition value="Ergebnisse der Immunhistochemie, die im Kontext des Molekularen Tumorboards erstellt wurden. Umfasst neben regulärer IHC auch die Phospo-IHC, sowie komplexere IHC-Untersuchungen wie PDL1-Expression, Her2-Expression, etc." />
<min value="0" />
<max value="*" />
<code value="Reference" />
<targetProfile value="https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-immunohistochemistry" />
</type>
<mustSupport value="true" />
</element>
<element id="DiagnosticReport.result:InSituHybridisierung">
<path value="DiagnosticReport.result" />
<sliceName value="InSituHybridisierung" />
<short value="Gewebebasierte In-Situ-Hybridisierung" />
<min value="0" />
<max value="*" />
<code value="Reference" />
<targetProfile value="https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-insituhybridization" />
</type>
<mustSupport value="true" />
</element>
</differential>
</StructureDefinition>
{
"resourceType": "StructureDefinition",
"id": "mii-pr-mtb-molecular-pathology-report",
"url": "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-molecular-pathology-report",
"version": "2024.0.0-ballot",
"name": "MII_PR_MTB_Molecular_Pathology_Report",
"title": "MII PR MTB Molecular Pathology Report",
"status": "draft",
"publisher": "Medizininformatik Initiative",
"contact": [
{
"telecom": [
{
"system": "url",
"value": "https://www.medizininformatik-initiative.de"
}
]
}
],
"description": "Molecular pathology report",
"fhirVersion": "4.0.1",
"kind": "resource",
"abstract": false,
"type": "DiagnosticReport",
"baseDefinition": "http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/DiagnosticReport",
"derivation": "constraint",
"element": [
{
"id": "DiagnosticReport.meta",
"path": "DiagnosticReport.meta",
"mustSupport": true
},
{
"id": "DiagnosticReport.meta.profile",
"path": "DiagnosticReport.meta.profile",
"mustSupport": true
},
{
"id": "DiagnosticReport.code",
"path": "DiagnosticReport.code",
"short": "Molekular-Pathologie-Befund",
"definition": "Molekular-Pathologie-Befund, der im Kontext des Molekularen Tumorboards erstellt wurde.",
"mustSupport": true
},
{
"id": "DiagnosticReport.code.coding",
"path": "DiagnosticReport.code.coding",
"code": "60568-3",
"system": "http://loinc.org",
"display": "Pathology synoptic report"
}
},
{
"id": "DiagnosticReport.subject",
"path": "DiagnosticReport.subject",
"min": 1,
"type": [
{
"code": "Reference",
"http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Patient"
]
}
],
"mustSupport": true
},
{
"id": "DiagnosticReport.issued",
"path": "DiagnosticReport.issued",
"short": "Erstellungsdatum",
"definition": "Erstellungsdatum des Berichts",
"mustSupport": true
},
{
"id": "DiagnosticReport.performer",
"path": "DiagnosticReport.performer",
"short": "Institut",
"definition": "Berichtendes Institut",
"type": [
{
"code": "Reference",
"http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Organization"
]
}
]
},
{
"id": "DiagnosticReport.specimen",
"path": "DiagnosticReport.specimen",
"short": "Probe",
"definition": "Dem Bericht zugrunde liegende Probe",
"mustSupport": true
},
{
"id": "DiagnosticReport.result",
"path": "DiagnosticReport.result",
"slicing": {
{
"type": "profile",
"path": "$this.resolve()"
}
],
"rules": "open",
"description": "Slices für verschiedene Inhalte eines Molekularpathologischen Reports. Diese Slices sind beliebig erweiterbar"
},
"short": "Ergebnisse",
"definition": "Strukturierte Ergebnisse des Molekular-Pathologie-Befunds",
"mustSupport": true
},
{
"id": "DiagnosticReport.result:Immunhistochemie",
"path": "DiagnosticReport.result",
"sliceName": "Immunhistochemie",
"short": "Immunhistochemie",
"definition": "Ergebnisse der Immunhistochemie, die im Kontext des Molekularen Tumorboards erstellt wurden. Umfasst neben regulärer IHC auch die Phospo-IHC, sowie komplexere IHC-Untersuchungen wie PDL1-Expression, Her2-Expression, etc.",
"min": 0,
"max": "*",
"type": [
{
"code": "Reference",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-immunohistochemistry"
]
}
],
"mustSupport": true
},
{
"id": "DiagnosticReport.result:InSituHybridisierung",
"path": "DiagnosticReport.result",
"sliceName": "InSituHybridisierung",
"short": "Gewebebasierte In-Situ-Hybridisierung",
"min": 0,
"max": "*",
"type": [
{
"code": "Reference",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-insituhybridization"
]
}
],
"mustSupport": true
}
]
}
}

Mapping Datensatz zu FHIR

DatensatzErklaerungFHIR
RNA Fusion

RNA Fusion

MII_PR_MTB_RNA_Seq
Varianten ID

Varianten ID

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[variation-code]
Entrez ID

Entrez ID

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[variation-code]
Ensemble ID

Ensemble ID

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[variation-code]
Gen

Gen

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[gene-studied]
Transcript ID

Transcript ID

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[transcript-id]
Transcripts Per Million

Transcripts Per Million

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[transcripts-per-million]
Tissue Corrected Expression

Tissue Corrected Expression

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[tissue-corrected-expression]
Raw counts

Raw counts

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[raw-counts]
Library size

Library size

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[library-size]
Cohort ranking

Cohort ranking

MII_PR_MTB_RNA_Seq.component[cohort-ranking]

Suchparameter

Folgende Suchparameter sind für das Modul Onkologie relevant, auch in Kombination:

  1. Der Suchparameter "_id" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?_id=12345

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_id" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Parameters for all resources".

  2. Der Suchparameter "_profile" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/DiagnosticReport?_profile=https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-molecular-pathology-report

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_profile" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Parameters for all resources".

  3. Der Suchparameter "subject" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/DiagnosticReport?subject=Patient/example-mii-mtb-patient

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "subject" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "reference".

  4. Der Suchparameter "issued" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/DiagnosticReport?issued=2025-05-22

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "issued" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "date".


Beispiele