Beispiel 1 - Nachweis von Klebsiella pneumoniae in der aeroben Blutkultur mit Nicht-Empfindlichkeit gegen Carbapeneme und Nachweis einer KPC-2 Carbapenemase

In diesem Beispiel abgebildete Verfahren sind

• Bakterielle Kultur
• Lichtmikroskopie nach Gram-Färbung
• MALDI-TOF
• Mikrodilution zur phänotypische Resistenztestung (qualitative Ergebnisse)
• Carbapenemase-Schnelltest
• Carbapenemase-PCR
• Carbapenemase-Sequenzierung

Für alle methodischen Schritte zur Erregeridentifizierung wird in diesem Beispiel nur ein LOINC-Code "41852-5 Microorganism or agent identified in specimen" verwendet. Dieser LOINC-Code spiegelt die Anforderung der unspezifischen Erregersuche wieder und stellt die Frage, ob ein Erreger in dem eingesandten Material gefunden wurde und wenn ja, welcher.

Die eingegangene Blutkultur-Flaschen werden hier als zwei verschiedene Materialien betrachtet und werden entsprechend in der FHIR-Ressource "Specimen" als aerobe und anaerobe Blutkulturflasche mittels SNOMED-Codes in "Specimen.type" kodiert. Dies entspricht dem Gedanken, das unter "Specimen.type" das im Labor eingegangene Material kodiert abgebildet wird.

• In der anaerobe Blutkulturflasche kommt es nach Bebrütung zu keinem Wachstum. Dieses Ergebnis wir der FHIR-Ressource "Observation" abgebildet. Als Methode wird in "Observation.method" die Kultur mit dem SNOMED-Code "703725008 | Culture technique (qualifier value)" angegeben. Das Ergebnis der kulturellen Anreicherung in der anaeroben Blutkulturflasche ist negativ, es kommt zu keinem Wachstum. Das Ergebnis wird als "Observation.valueCode" mit dem SNOMED-Code "264868006 No growth (qualifier value)" beschrieben.
• In der aeroben Blutkulturflasche kommt es nach Bebrütung zu einem Wachstum. Dieses Ergebnis kann analog zum Ergebnis der Bebrütung der anaeroben Blutkulturflasche dargestellt werden. In der "Observation" wird der gleiche SNOMED-Code "703725008 | Culture technique (qualifier value)" als "Observation.method" angegeben. Das Ergebnis dieses diagnostischen Schritts ist der Nachweis von Wachstum von Erregern. Das Ergebnis wird mit dem SNOMED-Code "410607006 | Organism (organism)" dargestellt.

Das Ergebnis der Mikroskopie im Rahmen dieser bakteriologischen Diagnostik ist für ARS von nachrangiger Bedeutung und muss nicht Teil der Übermittlung sein (s.a. Abschnitt "Zu übermittelnde Inhalte für ARS" im Kapitel Semantik). Die Mikroskopie ist in diesem Beispiel abgebildet, um zu verdeutlichen, dass die aufgestellten Regeln im Umgang mit der Semantik im Zusammenspiel von LOINC und SNOMED-CT in den Profilen für ARS auch für weitere Anwendungsfälle anwendbar sind. Für die Mikroskope wird als Methode das angewandte Färbeverfahren beschrieben. Die Wahl des adäquaten mikroskopischen Verfahrens, in diesem Beispiel die Lichtmikrokopie, vorausgesetzt.

Das Verfahren zur Erregeridentifizierung ist in diesem Beispiel der MALDI-TOF. Die Methode wird als "Observation.method" mit dem SNOMED-Code "83581000052107 Matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry technique (qualifier value)" angegeben. Das Ergebnis des MALDI-TOF ist ein Erregernachweis, der in diesem Beispiel mit dem SNOMED-Code "56415008 | Klebsiella pneumoniae (organism)" als "Observation.valueCode" angegeben wird.

Die phänotypische Resistenztestung erfolgt in diesem Beispiel mittels Mikrodilution. Es wird mit für den Wirkstoff-spezifischen LOINC-Codes gearbeitet (s.a. Abschnitt "FHIR-Profile und Anwendung der Terminologien - Phänotypische Resistenztestung" im Kapitel Semantik), wobei hier beispielhaft eine Auswahl an Wirkstoffen abgebildet ist. Bei der phänotypischen Resistenztestung ist es für ARS unerlässlich die Ergebnisse aller getesteten Substanzen abzubilden (s.a. Abschnitt "Zu übermittelnde Inhalte für ARS" im Kapitel Semantik). In diesem Beispiel wird davon ausgegangen, dass im Laborinformationssystem nur das interpretierte Ergebnis mit Einteilung in "sensibel", "sensibel bei erhöhter Konzentration" bzw. "intermediär" und "resistent" (SIR) vorliegt. Die entsprechenden SNOMED-Codes werden in "Observation.valueCode" angegeben. Ein Beispiel unter Berücksichtigung qualitativer Ergebnisse findet sich in Beispiel 2.

• Die für die Interpretation der Ergebnisse der phänotypischen Resistenztestung verwendete Norm, z.B. EUCAST, sollte in der Extension "Observation.referenceRange.extensionNorm" angegeben werden.

In dem hier vorliegenden Beispiel wird nach phänotypischer Carbapenem-Nichtempfindlichkeit ein Carbapenemase-Schnelltest durchgeführt sowie eine PCR. Beide Verfahren können das Vorhandensein einer Carbapenemase mit Zugehörigkeit zu einer Carbapenemase-Gruppe beschreiben. Die anschließende Sequenzierung kann die Carbapenemase bestimmen. Der in diesem Beispiel zur Diskussion gestellte Vorschlag sieht einen LOINC-Code vor, der mit der "property" "Prid" nach dem Vorhandensein bzw. der Art der Carbapenemase fragt. Dieser Code erlaubt sowohl als Antwort die mittels Schnelltest oder PCR nachgewiesene Carbapenemase-Gruppe zu beschreiben als auch die mittels Sequenzierung bestimmte Carbapenemase oder ein negatives Ergebnis bei fehlendem Nachweis einer Carbapenemase-Gruppe bzw. einer Carbapenemase anzugeben. Sowohl der hier vorgeschlagene LOINC-Code als auch die SNOMED-Codes für die Beschreibung der Carbapenemase-Gruppen bzw. der Carbapenemasen müssen beantragt werden.

• Das Beispiel beschreibt in drei Observations die mögliche Diagnostik zum Nachweis von Carbapenemasen. Alle drei Observations stellen die Frage nach dem Vorhandensein einer Carbapenemase mit dem zu beantragenden LOINC-Code "Carbapenemase identified in isolate or specimen" in "Observation.code". Die angewendete Methode unterscheidet sich in den Observations. In "Observation.method" kann sowohl das immunchromatografische Verfahren eines Schnelltests (SNOMED-Code "66731000052108 Immunochromatographic test technique (qualifier value)" als auch die PCR (SNOMED-Code "258066000 Polymerase chain reaction technique (qualifier value)") oder die Sequenzierung (SNOMED-Code "1304162005 Nucleic acid sequencing technique (qualifier value)") angegeben werden. Das Ergebnis der durchgeführten Gruppe kann der Nachweis einer Carbapenemase-Gruppe mittels Schnelltest oder PCR oder der Carbapenemase nach Sequenzierung sein. Das Ergebnis wird in "Observation.valueCodeableConcept" mit zu beantragenden SNOMED-Codes abgebildet.

Wie in Abschnitt "Zu übermittelnde Inhalte für ARS") beschrieben, ist es entsprechend der Ziele von ARS nicht notwendig, alle Schritte der mikrobiologischen Diagnostik zu übermitteln. In diesem Beispiel ist es wichtig, das Ergebnis der Diagnostik aus der anaeroben und aeroben Blutkulturflasche zu übermitteln.

• Für die anaerobe Blutkulturflasche soll das negative Ergebnis der kulturellen Anreichung wie dargestellt übermittelt werden.
• Für die aerobe Blutkulturflasche ist das Ergebnis der Untersuchung mittels MALDI-TOF sowie die vollständige phänotypische und genotypische Resistenztestung zu übermitteln. Die "Observations" mit dem Ergebnis der kulturellen Anreichung und der Mikroskopie entfallen.