Für die Kodierung des gesamten Pathologiebefundberichts als auch für die Grouper-Observations kommen LOINC-Terme aus der DOC.*-Klasse oder der Doc-Skala zum Einsatz.
Die generischen Einzelbeobachtungen selbst sollten möglichst genau so kodiert werden, wie sie auch beobachtet wurden, d.h. an welchem Probentyp, mit welcher Methode, etc.
Die zahlreichen Möglichkeiten, Beobachtungen mit Code-Value-Paaren zu beschreiben, werden für nichtnumerische Beobachtungsergebnisse auf zwei (drei) prinzipielle Möglichkeiten beschränkt:
Observation.value
den nichtnumerischen Beobachtungswert.Observation.code
: Ausmaß einer Extraprostatischen TumorausbreitungObservation.valueCodebleConcept
: fokalObservation.code
wird durch eine Möglichkeit ausgedrückt, die nicht die Aktion der Beobachtung kodiert, sondern ein Statement zu einem Befund darstellt. Auf diese Weise ist der Observation.value
ein Qualifier, der das Vorhandensein oder Nichtvorhandensein des Befundes kodiert.Observation.code
: PerineuralscheideninvasionObservation.valueCodebleConcept
: Ja/Nein Indikator oder Observation.valueBoolean
Observation.code
wird wie in 2. durch ein Statement zu einem Befund dargestellt, der Observation.value
wird weggelassen.Observation.code
: PerineuralscheideninvasionObservation.valueCodebleConcept
:Observation.dataAbsentReason
: not-applicableFür die erstgenannte Möglichkeit stehen alle LOINC-Terme der Typen "Lab" und "Clinical" zur Verfügung. Falls kein passender LOINC-Code zur Verfügung steht, wird ein SNOMED-CT-Code verwendet, der aus der Hierarchie-Achse |363787002 (Observable entity)| oder |386053000 (Evaluation procedure)| stammt. Die Observation.values sind vorzugsweise SNOMED-CT-Codes oder zugehörige LOINC-Answer-Codes.
Für die zweitgenannte Möglichkeit ist der Observation.code vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den Hierarchie-Achsen |404684003 (Clinical finding)|, |413350009 (Finding with explicit context)| oder |272379006 (Event)|. Der Observation.value wird repräsentiert vorzugsweise durch die SNOMED-CT-Achse |362981000 (Qualifier value)|. Postkoordinierte SNOMED-CT Expressions sollten vermieden werden.
Für die drittgenannte Möglichkeit sollte vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den o.g. Hierarchie-Achsen verwendet werden. Ein Observation.dataAbsentReason.value des fehlenden Observation.value sollte benutzt werden, um anzuzeigen, warum dieser Wert fehlt.
Wenn sich keine passenden LOINC-Terme oder SNOMED-CT-Codes finden lassen, sind weitere standardisierte Code-Systeme (z.B. HL7 V2.x oder V3, ICD-10, ICD-11, ICD-O-3, ADT/GEKID) Kodes aus lokalen Kodesystemen vorzuziehen.
TODO: Abbildung (Prinzip der gemeinsamen Nutzung von LOINC und SNOMED-CT, https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCLOINC/5.2.7+Practical+Uses+of+Part+Maps+and+Expression+Associations, Kap. 5.2.7) hinzufügen
Die Maßeinheiten bei Messwerten müssen zwingend in UCUM-Einheiten angegeben werden, damit sich die Ergebnisse ineinander umrechnen lassen. Mittels Validatoren kann sichergestellt werden, dass die verwendeten Einheiten zulässig sind.
Für die Kodierung von Proben und Prozeduren wird SNOMED-CT verwendet.
Für Färbeprozeduren wird folgendes Vorgehen empfohlen:
Außerdem ist in ein Postkoordinierter Färbeprozess kodierbar:
Bei postkoordinierten Codes sei allerdings zu beachten, dass diese ohne einen dafür geeigneten Terminologieserver kaum auswertbar sind. Aus diesem Grund wäre unsere Empfehlung erstmal die Zusammenhänge von Färbeprozessen und deren jeweiligen Färbesubstanzen auf das FHIR Informationsmodell zu übertragen, und diese mithilfe von .processing.procedure und .processing.additive abzubilden.
Für in-situ-Hybridisierungen sollte eine terminologische Harmonisierung mit dem KDS „Molekulargenetischer Befundbericht“ erreicht werden.
Zusätzlich zu o.g. und weiteren internationalen Terminologien (ICD-O-3 und UICC-TNM) werden durch das Modul Pathologie-Befund eigene ValueSets definiert. Es sei darauf hingewiesen, dass alle ValueSets keine Expansion beinhalten. Diese muss vor der Verwendung mittels eines Terminologieservers durchgeführt werden.
Außerdem werden mehrere Datenelemente in den FHIR Resourcen durch HL7 V2.x -Kodes kodiert.
Profile | Value-Sets | Binding-Strength |
---|---|---|
MII PR Patho Specimen | MII_VS_Patho_Collection_Method_SNOMED_CT MII_VS_Patho_Container_Type_SNOMED |
Extensible Required |
MII PR Patho Service Request | MII_VS_Patho_Service_Request_SNOMED_CT | Preferred |
MII PR Patho Active Problems | MII_VS_Patho_Problem_List_SNOMED_CT | Extensible |
MII PR Patho Finding | MII_VS_Patho_Section_Types_LOINC | Required |
MII PR Patho Report | MII_VS_Patho_Report_Category_HL7 | Extensible |
MII PR Patho Specimen | MII_VS_Patho_Processing_Procedure_SNOMED_CT MII_VS_Patho_Collection_Method_SNOMED_CT |
Extensible |
MII PR Patho Attached Image | MII_VS_Patho_Media_Modality_SNOMED_CT | Extensible |
MII PR Patho Composition | MII_VS_Patho_Composition_Type_LOINC MII_VS_Patho_All_LOINC |
Extensible Required |
MII PR Patho Base Observation | MII_VS_Patho_All_LOINC | Preferred |
Version | 1.0.0 |
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Status | Active |
ValueSet for the clinical collection method
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This value set includes codes from the following code systems:
Version | 1.0.0 |
Published by | Medizininformatik Initiative |
Status | Active |
ValueSet for container type based on IHE PaLM's ContainerEntityClassType ValueSet
Website: https://www.medizininformatik-...
This value set includes codes from the following code systems:
The following codes from system: SNOMED_CT
Code | Display |
---|---|
434746001 | Specimen vial (physical object) |
434464009 | Tissue cassette (physical object) |
434708008 | Tissue cassette for microarray (physical object) |
433466003 | Microscope slide (physical object) |
433453003 | Specimen container component (physical object) |
430863003 | Tissue embedding medium (substance) |
434533009 | Electron microscopy grid (physical object) |
434822004 | Specimen well (physical object) |
433472003 | Microscope slide coverslip (physical object) |
430862008 | Microscope slide mounting medium (substance) |
434473001 | Specimen container lid (physical object) |
Version | 1.0.0 |
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Status | Active |
ValueSet for a preferred set of ServiceRequest codes
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This value set includes codes from the following code systems:
Version | 1.0.0 |
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Status | Active |
ValueSet containing the recommended vocabulary for describing problems, according to the IHE Patient Care Coordination Technical Framework (Vol. 2)
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Version | 1.0.0 |
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Status | Active |
ValueSet for IHE PaLM APSR's section types
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The following codes from system: LOINC
Code | Display |
---|---|
83321-0 | Pathology report intraoperative observation in Specimen Document |
22634-0 | Pathology report gross observation |
22635-7 | Pathology report microscopic observation |
22637-3 | Pathology report diagnosis |
77599-9 | Additional documentation |
Version | 1.0.0 |
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Status | Active |
ValueSet for the categorization of Pathology Report documents
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This value set includes codes from the following code systems:
Version | 1.0.0 |
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Status | Active |
ValueSet with some of the main Media.modalities needed in the pathological scope
Website: https://www.medizininformatik-...
This value set includes codes from the following code systems:
The following codes from system: SNOMED_CT
Code | Display |
---|---|
706821004 | Scanner (physical object) |
706582001 | Microscope camera (physical object) |
14364002 | Camera, device (physical object) |
701627004 | Multi-purpose digital medical camera (physical object) |
409903006 | External camera (physical object) |
Version | 1.0.0 |
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Status | Active |
ValueSet for the types a pathology Composition can have
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This value set includes codes from the following code systems:
The following codes from system: LOINC
Code | Display |
---|---|
18743-5 | Autopsy report |
11526-1 | Pathology study |
26435-8 | Molecular pathology studies (set) |
11529-5 | Surgical pathology study |
60568-3 | Pathology Synoptic report |
47527-7 | Cytology Cvx/Vag Doc Thin Prep |
33717-0 | Cytology Cvx/Vag study |
33716-2 | Non-gynecological cytology study |
Version | 1.0.0 |
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Status | Active |
ValueSet for general LOINC VS binding
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This value set includes codes from the following code systems: