MII_IG_Patho

Terminologien

Für die Kodierung des gesamten Pathologiebefundberichts als auch für die Grouper-Observations kommen LOINC-Terme aus der DOC.*-Klasse oder der Doc-Skala zum Einsatz.

Die generischen Einzelbeobachtungen selbst sollten möglichst genau so kodiert werden, wie sie auch beobachtet wurden, d.h. an welchem Probentyp, mit welcher Methode, etc.

Die zahlreichen Möglichkeiten, Beobachtungen mit Code-Value-Paaren zu beschreiben, werden für nichtnumerische Beobachtungsergebnisse auf zwei (drei) prinzipielle Möglichkeiten beschränkt:

der Observation.code repräsentiert die Art der Beobachtung und der Observation.value den nichtnumerischen Beobachtungswert.

Observation.code: Ausmaß einer Extraprostatischen Tumorausbreitung
Observation.valueCodebleConcept: fokal

der Observation.code wird durch eine Möglichkeit ausgedrückt, die nicht die Aktion der Beobachtung kodiert, sondern ein Statement zu einem Befund darstellt. Auf diese Weise ist der Observation.value ein Qualifier, der das Vorhandensein oder Nichtvorhandensein des Befundes kodiert.

Observation.code: Perineuralscheideninvasion
Observation.valueCodebleConcept: Ja/Nein Indikator oder Observation.valueBoolean

der Observation.code wird wie in 2. durch ein Statement zu einem Befund dargestellt, der Observation.value wird weggelassen.

Observation.code: Perineuralscheideninvasion
Observation.valueCodebleConcept:
Observation.dataAbsentReason: not-applicable

Für die erstgenannte Möglichkeit stehen alle LOINC-Terme der Typen "Lab" und "Clinical" zur Verfügung. Falls kein passender LOINC-Code zur Verfügung steht, wird ein SNOMED-CT-Code verwendet, der aus der Hierarchie-Achse |363787002 (Observable entity)| oder |386053000 (Evaluation procedure)| stammt. Die Observation.values sind vorzugsweise SNOMED-CT-Codes oder zugehörige LOINC-Answer-Codes.

Für die zweitgenannte Möglichkeit ist der Observation.code vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den Hierarchie-Achsen |404684003 (Clinical finding)|, |413350009 (Finding with explicit context)| oder |272379006 (Event)|. Der Observation.value wird repräsentiert vorzugsweise durch die SNOMED-CT-Achse |362981000 (Qualifier value)|. Postkoordinierte SNOMED-CT Expressions sollten vermieden werden.

Für die drittgenannte Möglichkeit sollte vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den o.g. Hierarchie-Achsen verwendet werden. Ein Observation.dataAbsentReason.value des fehlenden Observation.value sollte benutzt werden, um anzuzeigen, warum dieser Wert fehlt.

Wenn sich keine passenden LOINC-Terme oder SNOMED-CT-Codes finden lassen, sind weitere standardisierte Code-Systeme (z.B. HL7 V2.x oder V3, ICD-10, ICD-11, ICD-O-3, ADT/GEKID) Kodes aus lokalen Kodesystemen vorzuziehen.

TODO: Abbildung (Prinzip der gemeinsamen Nutzung von LOINC und SNOMED-CT, https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCLOINC/5.2.7+Practical+Uses+of+Part+Maps+and+Expression+Associations, Kap. 5.2.7) hinzufügen

Die Maßeinheiten bei Messwerten müssen zwingend in UCUM-Einheiten angegeben werden, damit sich die Ergebnisse ineinander umrechnen lassen. Mittels Validatoren kann sichergestellt werden, dass die verwendeten Einheiten zulässig sind.

Für die Kodierung von Proben und Prozeduren wird SNOMED-CT verwendet.

Färbungen

Für Färbeprozeduren wird folgendes Vorgehen empfohlen:

Histologische und zytologische Färbungen können in SCT entweder als präkoordinierte Procedure (z.B alle Children von 127790008) oder als Kombination von Färbeprozess (127790008) und den verwendeten Farbstoffen (alle children von 397165007 oder 45389009) als Additiv (Substance) kodiert werden. Hierbei kann ein Färbeprozess mittels Specimen.processing.procedure abgebildet werden, während die dazu gehörigen Färbesubstanzen über Specimen.processing.additive über eine Referenz zu einer oder mehreren Substance Ressourcen abzubilden wären.
Für Immunhistochemische Färbungen stehen in SCT nur wenige präkoordinierte Konzepte zur Verfügung. Auch hier bietet sich die Kombination von Färbeprozess 406867009 oder 13269000 mit den Antikörpern/Antigenen und Chromogenen als .substance bzw. ingredient.substance an.

Außerdem ist in ein Postkoordinierter Färbeprozess kodierbar:

Färbeprozess(procedure):usingSubstance=Farbstoff oder =Antikörper
Färbeprozess(procedure):directSubstance=Zielantigen
oder eine Kombination dieser Kodierungen.

Bei postkoordinierten Codes sei allerdings zu beachten, dass diese ohne einen dafür geeigneten Terminologieserver kaum auswertbar sind. Aus diesem Grund wäre unsere Empfehlung erstmal die Zusammenhänge von Färbeprozessen und deren jeweiligen Färbesubstanzen auf das FHIR Informationsmodell zu übertragen, und diese mithilfe von .processing.procedure und .processing.additive abzubilden.

Für in-situ-Hybridisierungen sollte eine terminologische Harmonisierung mit dem KDS „Molekulargenetischer Befundbericht“ erreicht werden.

Modul ValueSets

Zusätzlich zu o.g. und weiteren internationalen Terminologien (ICD-O-3 und UICC-TNM) werden durch das Modul Pathologie-Befund eigene ValueSets definiert. Es sei darauf hingewiesen, dass alle ValueSets keine Expansion beinhalten. Diese muss vor der Verwendung mittels eines Terminologieservers durchgeführt werden.

Außerdem werden mehrere Datenelemente in den FHIR Resourcen durch HL7 V2.x -Kodes kodiert.

Profile	Value-Sets	Binding-Strength
MII PR Patho Specimen	MII_VS_Patho_Collection_Method_SNOMED_CT MII_VS_Patho_Container_Type_SNOMED	Extensible Required
MII PR Patho Service Request	MII_VS_Patho_Service_Request_SNOMED_CT	Preferred
MII PR Patho Active Problems	MII_VS_Patho_Problem_List_SNOMED_CT	Extensible
MII PR Patho Finding	MII_VS_Patho_Section_Types_LOINC	Required
MII PR Patho Report	MII_VS_Patho_Report_Category_HL7	Extensible
MII PR Patho Specimen	MII_VS_Patho_Processing_Procedure_SNOMED_CT MII_VS_Patho_Collection_Method_SNOMED_CT	Extensible
MII PR Patho Attached Image	MII_VS_Patho_Media_Modality_SNOMED_CT	Extensible
MII PR Patho Composition	MII_VS_Patho_Composition_Type_LOINC MII_VS_Patho_All_LOINC	Extensible Required
MII PR Patho Base Observation	MII_VS_Patho_All_LOINC	Preferred