HiGHmed

HiGHmed - Infection Control - ImplementationGuide

Probendetails - Specimen


Bestehende Profile Kerndatensatz Medizininformatik-Initiative

Modul Labor

Durch den Kerndatensatz der Medizininformatik Initative wird bereits das Konzept der "Probe" im Modul Labor definiert. Jedoch wurde im Kerndatensatz-Modul kein FHIR Profil für dieses Konzept erstell. Gründe hierfür siehe: https://simplifier.net/guide/LaborbefundinderMedizininformatik-Initiative/Specimen

Modul Biobank

Durch den Kerndatensatz der Medizininformatik Initative wird bereits das Konzept der "Probe" im Modul Biobank definiert. Diese Spezifikation wird im Rahmen dieses Moduls wiederverwendet.

Siehe Profil "Profile - Specimen - Bioprobe - Core".

Canonical URL: https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-biobank/StructureDefinition/SpecimenCore

Es ist zu beachten, dass alle weiteren Vorgaben und Pflichtfelder des Kerndatensatz Moduls einzuhalten sind. Weitere Informationen finden sich im Abschnitt des ImplementationGuides - Modul Biobank.


Abbildung Probe - HiGHmed Use Case Infection Control


Beschreibung

Dieses Profil beschreibt die Probe im HiGHmed Projekt, Infection Control.

Im HiGHmed Infection Control Use Case, Probentypen sind mit SNOMED CT spezifiziert.

Zum Beispiel für Mikrobiologischer Befund:

  • Blood specimen in blood culture bottle (specimen)
  • Blood specimen in aerobic blood culture bottle (specimen)
  • Blood specimen in anaerobic blood culture bottle (specimen)
  • Swab (specimen)

Zum Beispiel für Virologischer Befund:

  • Swab (specimen)
  • Sputum specimen (specimen)
  • Saliva specimen (specimen)
  • Respiratory fluid specimen (specimen)
  • Bronchoalveolar lavage fluid sample (specimen)

Eine Probe kann mehrere Isolate enthalten. Das Isolat ist über specimen.parent mit der Probe verbunden. Isolatnummer und Analyseergebnis-Reihenfolge werden in Isolat als Specimen.accessionIdentifier spezifiziert.

NameCanonical
Profile_HiGHmed_InfectionControl_Specimenhttp://highmed.org/fhir/StructureDefinition/ic/Specimen

Differential

idΣ0..1string
metaΣ0..1Meta
implicitRulesΣ ?!0..1uri
language0..1codeBinding
text0..1Narrative
contained0..*Resource
extensionI0..*Extension
modifierExtension?! I0..*Extension
identifierS Σ0..*Identifier
accessionIdentifierS Σ1..1Identifier
statusS Σ ?!1..1codeBinding
typeS Σ I1..1CodeableConceptBinding
subjectS Σ I1..1Reference(Patient | Group | Device | Substance | Location)
receivedTimeS Σ0..1dateTime
parentS I0..1Reference(Profile_HiGHmed_InfectionControl_Specimen)
requestI0..*Reference(ServiceRequest)
id0..1string
extensionI0..*Extension
modifierExtensionΣ ?! I0..*Extension
collectorS Σ I0..1Reference(Practitioner | PractitionerRole)
collectedDateTimedateTime
collectedPeriodPeriod
durationΣ I0..1Duration
quantityI0..1SimpleQuantity
method0..1CodeableConcept
bodySiteS1..1CodeableConceptBinding
fastingStatusCodeableConceptCodeableConcept
fastingStatusDurationDuration
id0..1string
extensionI0..*Extension
modifierExtensionΣ ?! I0..*Extension
description0..1string
procedure0..1CodeableConcept
additiveI0..*Reference(Substance)
timeDateTimedateTime
timePeriodPeriod
id0..1string
extensionI0..*Extension
modifierExtensionΣ ?! I0..*Extension
identifierΣ0..*Identifier
description0..1string
type0..1CodeableConcept
capacityI0..1SimpleQuantity
specimenQuantityI0..1SimpleQuantity
additiveCodeableConceptCodeableConcept
additiveReferenceReference(Substance)
conditionΣ0..*CodeableConceptBinding
id0..1string
extensionI0..*Extension
authorStringstring
authorReferenceReference(Practitioner | Patient | RelatedPerson | Organization)
timeΣ0..1dateTime
textS Σ1..1markdown


Mapping

Logischer Datensatz FHIR Element
Probendetails.Probenart Specimen.type
Probendetails.LaborprobenIdentifikator Specimen.accessionIdentifier
Probendetails.ExternerIdentifikator Specimen.identifier
Probendetails.ZeitpunktdesProbeneingangs Specimen.receivedTime
Probendetails.KommentardesProbennehmers Specimen.note
Probendetails.Probenentnahmestelle Specimen.collection.bodySite
Probendetails.NamederKörperstelle Specimen.collection.bodySite.text
Probendetails.ZeitpunktderProbenentnahme Specimen.collection.collectedDateTime
Probendetails.IdentifikatordesProbennehmers Specimen.collection.collector
Probendetails.IdentifikatorderübergeordnetenProbe Specimen.parent
Probendetails.Kommentar Specimen.note

Logischer Datensatz FHIR Element
Kultur.Isolatnummer Specimen.accessionIdentifier

Constraints

Folgende Invarianten müssen bei der Implementierung des Profils beachtet werden:

Constraints:

keyseverityhumanexpression
Highmed-IC-Specimen-1errorFalls ein Isolat kodiert wird, muss die Probe auch angeben werdencoding.where(code = '429951000124103' and system = 'http://snomed.info/sct').exists() implies %resource.parent.exists()

Terminology Bindings

PathNameStrengthURL
Specimen.typeprobenartextensiblehttp://highmed.org/fhir/ValueSet/ic/probenart
Specimen.collection.bodySiteprobenentnahmestelle-mikrobiologischer-befund-snomedctextensiblehttp://highmed.org/fhir/ValueSet/ic/probenentnahmestelle-mikrobiologischer-befund-snomedct

Snapshot

idΣ0..1string
metaΣ0..1Meta
implicitRulesΣ ?!0..1uri
language0..1codeBinding
text0..1Narrative
contained0..*Resource
extensionI0..*Extension
modifierExtension?! I0..*Extension
identifierS Σ0..*Identifier
accessionIdentifierS Σ1..1Identifier
statusS Σ ?!1..1codeBinding
typeS Σ I1..1CodeableConceptBinding
subjectS Σ I1..1Reference(Patient | Group | Device | Substance | Location)
receivedTimeS Σ0..1dateTime
parentS I0..1Reference(Profile_HiGHmed_InfectionControl_Specimen)
requestI0..*Reference(ServiceRequest)
id0..1string
extensionI0..*Extension
modifierExtensionΣ ?! I0..*Extension
collectorS Σ I0..1Reference(Practitioner | PractitionerRole)
collectedDateTimedateTime
collectedPeriodPeriod
durationΣ I0..1Duration
quantityI0..1SimpleQuantity
method0..1CodeableConcept
bodySiteS1..1CodeableConceptBinding
fastingStatusCodeableConceptCodeableConcept
fastingStatusDurationDuration
id0..1string
extensionI0..*Extension
modifierExtensionΣ ?! I0..*Extension
description0..1string
procedure0..1CodeableConcept
additiveI0..*Reference(Substance)
timeDateTimedateTime
timePeriodPeriod
id0..1string
extensionI0..*Extension
modifierExtensionΣ ?! I0..*Extension
identifierΣ0..*Identifier
description0..1string
type0..1CodeableConcept
capacityI0..1SimpleQuantity
specimenQuantityI0..1SimpleQuantity
additiveCodeableConceptCodeableConcept
additiveReferenceReference(Substance)
conditionΣ0..*CodeableConceptBinding
id0..1string
extensionI0..*Extension
authorStringstring
authorReferenceReference(Practitioner | Patient | RelatedPerson | Organization)
timeΣ0..1dateTime
textS Σ1..1markdown


Beispiele

{
    "resourceType": "Specimen",
    "id": "ExampleHiGHmedInfectionControlSpecimen",
    "meta": {
        "profile":  [
            "http://highmed.org/fhir/StructureDefinition/ic/Specimen"
        ]
    },
    "accessionIdentifier": {
        "system": "https://www.charite.de/fhir/CodeSystem/lab-identifiers",
        "assigner": {
            "reference": "Organization/Charite"
        }
    },
    "status": "available",
    "type": {
        "coding":  [
            {
                "system": "http://snomed.info/sct",
                "code": "257261003",
                "display": "Swab (specimen)"
            }
        ]
    },
    "subject": {
        "reference": "Patient/ExampleHiGHmedInfectionControlPatient"
    },
    "collection": {
        "collectedDateTime": "2021-05-16T08:49:21+02:00",
        "bodySite": {
            "coding":  [
                {
                    "system": "http://snomed.info/sct",
                    "code": "53505006",
                    "display": "Anal structure (body structure)"
                }
            ]
        }
    }
}